Se você instalou o apache, e você não deseja que seus visitantes vejam todo o conteúdo de uma pasta que não contém o arquivo index.php ou index.htm, edite o arquivo /etc/apache2/sites-available/nome_do_seu_site e insira o conteúdo Options -Indexes abaixo da linha DocumentRoot. Segue abaixo os passos:

vim /etc/apache2/sites-available/nome_do_seu_site
2) Conteúdo do arquivo /etc/apache2/sites-available/nome_do_seu_site:

ServerAdmin seu_email@seu_site_com_br
ServerName seu_dominio.com.br
ServerAlias www.seu_dominio.com.br
# Indexes + Directory Root.
DirectoryIndex index.html index.htm index.php
DocumentRoot /var/www/pasta_do_seu_site/
Options -Indexes
# CGI Directory
ScriptAlias /cgi-bin/ /var/www/pasta_do_seu_site/cgi-bin/
Options +ExecCGI
# Logfiles
ErrorLog /var/log/apache2/nome_do_seu_site.error.log
CustomLog /var/log/apache2/nome_do_seu_site.access.log combined

Leitura recomendada:
Créditos: http://troliveira.wordpress.com