Esse problema é muito comum e muitas das vezes pode ser observado quando o ATA perde o registro sip ao asterisk e, retorna momentaneamente e instantaneamente somente se:

1 – Trocar a porta UDP de X para outra Y. (Exemplo: de 5061 para 5064)
2 – Limpar os registros sip do Mikrotik com script:

 

     /ip firewall connection remove [/ip firewall connection find where connection-type=sip and assured=no]
     /ip firewall connection remove [find where dst-address~"IP DO DESTINO, ASTERISK"]
     /ip firewall connection remove [find where connection-type=sip or connection-type=sip-2 or connection-type=sip-1]

Porem se o script 2 for executado as chamadas correntes são derrubadas.

Uma solução que encontrei é trocar o NAT Masquerad por NAT src-nat, onde eu pego o IP Real fixo ou mesmo o IP da VPN sainte e coloco no TO ADDRESS (item irá aparecer quando trocar o MASQUERADE por SRC-NAT)

Se seu ip na WAN for dinâmico (eu possuo pppoe dinamico) pode-se criar um script de exemplo:

:global newIP [/ip address get [find interface="fibra-pppoe"] address] 
/ip firewall nat set [find where comment="PPPoE NAT"] to-address=$newIP

Onde o fibra-pppoe é o nome da interface pppoe, e o PPPoE NAT é um comentário que tenho obrigatoriamente deixar na regra de SRC-NAT do firewall

E lembre-se de criar um agendamento para rodar esse script de 5 em 5 minutos.